Pierwsza synagoga - jeszcze drewniana - powstała w 1684 r. Prawdopodobnie w tym samym miejscu powstała stojąca do dziś murowana Wielka Synagoga. Jej powstanie to już lata 1764-1774, a w kosztach budowy partycypowali Czartoryscy. Główny budynek rozbudowano w wieku XIX dodając drugą kondygnację nad przedsionkiem i dwa narożne alkierze. Drugą kondygnację oraz boczne części parterowe zajmują babińce. Największe zniszczenia dotknęły synagogi włodawskie w 1915 roku, gdy wycofujące się oddziały rosyjskie niszczyły wszystko stosując taktykę spalonej ziemi. Zamożna społeczność żydowska Włodawy już w 1920 roku usunęła zniszczenia.