Kościół oraz przylegające do niego budynki wznoszono w latach 1695 - 1741. Projektantem kościoła był zakonnik - Jan Delamars. Fundatorką budowy była Krystyna z Lubomirskich Potocka. Po jej śmierci spadkobiercy byli zobowiązani testamentem do ukończenia budowy. Do roku 1849 kościół posiadał kopułę. Gdy ta runęła, zniszczyła krypty znajdujące się pod podłogą. Kopuły nigdy nie odbudowano. Zniszczone krypty nigdy nie zostały odsłonięte. A ja nigdy jeszcze nie byłem wewnątrz kościoła.

Pokaż Świątynie na większej mapie

Kościół był świątynią jezuicką. Krasnystaw posiadał w tym czasie gotycki kościół pełniący do roku 1664 funkcję katedrę biskupów chełmskich. Jednak w 1773 roku zakon został zlikwidowany. Kościół wszedł w posiadanie kurii diecezji chełmskiej, a ta uczyniła teraz z niego kościół katedralny. Tą funkcję pełnił do roku 1826 gdy biskupi przenieśli się do Lublina. To takie małe zamieszanie wywołane polityką. W 1772 roku część diecezji znalazła się w granicach Austrii i została przyłączona do diecezji przemyskiej. Biskupi chełmscy "tymczasowo" przebywali w Krasnymstawie. Trwało to do roku 1826. Podczas tego pobytu diecezja została powiększona o część ziem należących do diecezji krakowskiej. W 1809 roku diecezję chełmską zlikwidowano, a w jej miejsce utworzono diecezję lubelską. Do 1826 roku trwały przygotowanie nowej siedziby biskupów w Lublinie.

W roku 1826 dawny kościół jezuicki stał się kościołem farnym i jest nim do dnia dzisiejszego. Nie ma za to już dawnej katedry.

Przylegające do kościoła zabudowania kolegium jezuickiego - dziś siedziba muzeum regionalnego.

A propos tego "niebycia wewnątrz". Znajduje się tam podobno polichromia przedstawiająca patrona świątyni wśród Indian. Franciszek Ksawery był misjonarzem w Azji. Autorowi malowidła się coś pomyliło i tak już zostało.