Budynek powstał z inicjatywy sprowadzonych tu przez Zamoyskich Żydów sefardyjskich. Do 1588 roku Zamość korzystał z zakazu osiedlania się Żydów. Obronny charakter miasta sprawił, że jego mieszkańcy uniknęli pogromów za czasów powstania Chmielnickiego. Na pewno była to też zachęta dla wielu by tu się osiedlić. Tak więc budowla wzniesiona w latach 1610-1618 przez Żydów sefardyjskich szybko stała się bożnicą coraz liczniejszych Żydów aszkenazyjskich. To już zapewne ich dziełem jest dobudowanie w XVII w. do bryły głównej parterowych babińców. W odróżnieniu od wielu synagog na terenie Polski zamojska ma dach ukryty za renesansowymi attykami.
Pokaż Judaika na większej mapie
Budynek pod okupacją niemiecką mieścił zakłady stolarskie. Po wojnie, po remoncie zajęła go biblioteka. W 2005 roku zwrócony został społeczności żydowskiej i od tamtej pory trwają remonty - podobnie jak przy fortyfikacjach zamojskich.
Łącznik pomiędzy synagogą i domem kahalnym.
W Wikipedii zamieszczone są też zdjęcia wykonane wewnątrz synagogi.
Powyższe zdjęcia wykonałem w 2009 roku. Poniżej z września 2010