Po wybuchu II wojny ¶wiatowej w osadzie zapanował chaos, który próbowali opanować miejscowi komuni¶ci, tworz±c patrole straży robotniczej. W¶ród nich była liczna grupa młodych Żydów. W połowie wrze¶nia Niemcy zajęli miejscowo¶ć, jednak po kilku dniach wycofali się. W dniu 22 wrze¶nia 1939 r. do osady wkroczyły oddziały Armii Czerwonej.
Wzmiankowany uprzednio Henry Gitelman tak zapamiętał wej¶cie Rosjan do Sławatycz: "Radziecki dowódca zaż±dał delegacji powitalnej, nios±cej czerwone flagi, która miała przywitać jego oddział i "zaprosić" do miasta. Miejscowy rabin razem z katolickim księdzem i prawosławnym popem wyszli powitać najeĽdĽców w tradycyjny sposób (.....) nios±c na tacy chleb i sól". Armia Czerwona wkrótce opu¶ciła Sławatycze, wracaj±c za Bug. Na mocy postanowień paktu Ribbentrop-Mołotow miejscowo¶ć ostatecznie znalazła się pod okupacj± niemieck±.
Represje wymierzone przez Niemców wobec ludno¶ci żydowskiej narastały stopniowo i stawały się coraz bardziej dotkliwe. Wkrótce po zajęciu osady przez wojska hitlerowskie, ujęto i rozstrzelano Żydów-członków uprzednio wspomnianej straży robotniczej, która na pocz±tku wrze¶nia pilnowała porz±dku na ulicach Sławatycz. Nadchodz±ce tygodnie przynosiły kolejne egzekucje. W lutym 1940 r. hitlerowcy zgładzili grupę ponad pięćdziesięciu osób. Żydzi zostali pozbawieni praw, nakazano im nosić opaski z Gwiazd± Dawida, zmuszano ich do prac na rzecz okupanta. Do Sławatycz przesiedlano osoby pochodzenia żydowskiego z pobliskich miejscowo¶ci, między innymi Hanny, Dołhobrodu i Holeszowa. Do maja 1942 r. liczba Żydów w Sławatyczach sięgnęła 1.502 osób.
"Ostateczne rozwi±zanie" nast±piło w 1942 roku. Pod koniec czerwca Niemcy kazali Żydom zebrać się na rynku. Wielu z nich nie usłuchało jednak polecenia i - w przeczuciu zgotowanego im okrutnego losu - próbowało ratować się ucieczk± lub szukaj±c schronienia na terenie miejscowo¶ci. Większo¶ci z nich nie udało się zrealizować tych planów. Przez trzy dni Niemcy wyci±gali ukrywaj±cych się Żydów i zabijali na miejscu. Szacuje się, że zginęło wtedy od sze¶ciuset do tysi±ca osób. Ofiary pogrzebano na cmentarzu żydowskim, w masowym grobie długo¶ci około stu metrów. Domy należ±ce do Żydów spalono.
Ocalałych z tej "akcji" Żydów przesiedlono w rejon ulicy Pielwaki. Utworzone tam getto było strzeżone dzień i noc. Pod koniec wrze¶nia Żydzi zostali zmuszeni do stawienia się na rynku. Kobiety i dzieci załadowano na uprzednio podstawione furmanki, mężczyznom kazano zdj±ć buty i i¶ć czwórkami. Długa kolumna, pilnowana przez Niemców i granatow± policję, wyruszyła ze Sławatycz. ¦wiadkowie tego tragicznego marszu wspominaj±, że po drodze zabito wiele osób. Po doj¶ciu do Międzyrzeca Podlaskiego, sławatyccy Żydzi zostali deportowani do Treblinki, gdzie zginęli w komorach gazowych.
Wojnę przeżyła garstka Żydów ze Sławatycz.
W¶ród nich był Henryk Grynszpan, któremu schronienia - nie bacz±c na groĽbę kary ¶mierci za okazanie pomocy Żydom - udzieliła rodzina Parczewskich. Po wojnie Anna i Dominik Parczewscy otrzymali medal "Sprawiedliwy w¶ród narodów ¶wiata". Warto wiedzieć, że to wyróżnienie przyznano także Józefowi i Mariannie Krzymowskim ze Sławatycz. Wewe (Welwel) Grynszpan, jedyny Żyd, który po wyzwoleniu zamieszkał w swoim rodzinnym sztetl, w 1945 r. został skrytobójczo zamordowany.
Cmentarz żydowski w Sławatyczach znajduje się przy ul. Polnej, około 100 metrów za cmentarzem rzymsko-katolickim, na działce w kształcie litery L o powierzchni 1,35 ha. Podczas II wojny ¶wiatowej na terenie nekropolii w masowych mogiłach grzebano zwłoki Żydów, ofiar Holocaustu. Krzysztof Gruszkowski w swym opracowaniu zatytułowanym "Sławatycki okręg bóżniczy" tak opisuje jeden z tych tragicznych epizodów: "Wyznaczeni Polacy furmankami zwozili zwłoki pomordowanych mężczyzn, kobiet i dzieci na miejscowy kirkut. Polacy mieli też obowi±zek zrzucania zwłok do zbiorowego grobu o długo¶ci do 100 m. W¶ród wyznaczonych był mój tata, maj±cy wówczas ukończone 17 lat. W pewnej chwili usłyszał głos konaj±cego Żyda, zrzuconego już do grobu, wołaj±cego z jękiem - dobij mnie, dobij mnie!!! Struchlały ojciec nie wiedz±c co ma czynić zwrócił się do eskortuj±cego Niemca - tenże kazał nie przerywać zasypywania ziemi±". W czasie wojny cmentarz uległ zniszczeniu - wiele nagrobków zostało skradzionych i wykorzystanych do prac budowlanych. Przez wiele lat opuszczona nekropolia coraz bardziej zarastała i popadała w zapomnienie.