Podczas II wojny ¶wiatowej na cmentarzu działy się dantejskie sceny. Tu nazi¶ci dokonali egzekucji wielu węgrowskich Żydów. W Archiwum Żydowskiego Instytutu Historycznego przechowywany jest tekst autorstwa Władysława Okulusa, zatytułowany: "Największa tragedia w dziejach Węgrowa". Opisano w nim historię Holocaustu w Węgrowie. Przytoczmy tu niektóre fragmenty tych wspomnień: "Żydów zabijano na miejscowym cmentarzu żydowskim i zakopywano w zbiorowych mogiłach. Zabijanie odbywało się w biały dzień na oczach wszystkich. Patrzyła na to nasza młodzież, patrzyły dzieci. Na miejscu zabito około dwóch tysięcy osób. Z zabijania zrobiono sobie co¶ w rodzaju sportu czy przyjemnej rozrywki. (...) Wielu Żydów zachowywało się nadzwyczaj bohatersko. Na miejscowy cmentarz szli spokojni, z dumnie podniesion± głow±. Mężowie prowadzili pod rękę żony, młodzi trzymali się za ręce. Popularny w Węgrowie i powszechnie szanowany Zima szedł na cmentarz w otoczeniu całej rodziny, a napotykanych po drodze węgrowiaków żegnał ukłonem i uroczystymi słowami. Niemiec poganiał go kolb± karabinu. (...) Na przedwio¶niu 1944 roku w mie¶cie zaczęto urz±dzać obóz. (...) Ludno¶ć naz.wała go "Mał± Treblink±". Urz±dzono w nim polowe krematorium. Między "Mał± Treblink±" a cmentarzem żydowskim kursował bez przerwy olbrzymi, zamknięty samochód. Żydzi pod straż± wykopywali ¶miertelne szcz±tki z masowych grobów i przewozili je do obozu, gdzie były spalane. Po okolicy rozchodził się mdły, dusz±cy dym. Trwało to kilka tygodni. (...) Po opróżnieniu masowych grobów cmentarz żydowski zniwelowano i zaminowano. Widocznie s±dzono, że będ± tam poszukiwania masowych grobów, więc zamiast trupów miały być miny".