Jak twierdzą autorzy zamieszczonego na stronie www.stoczek.net.pl kalendarium Stoczka, Żydzi zaczęli osiedlać się w tej miejscowości już w początkach XVIII wieku. Swój sztetl w języku jidysz nazywali Stok. Burzliwy rozwój osadnictwa żydowskiego w Stoczku przypadł na drugą połowę dziewiętnastego wieku. W 1856 roku w Stoczku żyło 228 wyznawców judaizmu, a podczas spisu powszechnego w 1921 r. żydowskie pochodzenie zadeklarowało 1.221 mieszkańców, co stanowiło 74% całej populacji miasteczka. Wielu stoczkowskich Żydów było chasydami, a "The Encyclopedia of Jewish Life before and during the Holocaust" podaje, że pomimo zachowawczego, tradycyjnego charakteru społeczności, w okresie międzywojennym coraz szersze poparcie zaczęły zyskiwać idee syjonistyczne.
Po wybuchu drugiej wojny światowej i zajęciu miasteczka przez wojska hitlerowskie, Niemcy przystąpili do represjonowania miejscowej ludności żydowskiej. Około dwustu młodych Żydów deportowano do obozów pracy przymusowej. W 1940 roku w Stoczku powstało getto. Likwidacja getta nastąpiła w dniu 22 września 1942 r. - jego mieszkańców Niemcy zamordowali w obozie zagłady w pobliskiej Treblince.
Część ludzi zgładzono na miejscu.
Cmentarz żydowski w Stoczku Węgrowskim założono prawdopodobnie w XIX wieku przy ul. Węgrowskiej, na działce o powierzchni 0,93 ha. Nekropolia została zniszczona podczas drugiej wojny światowej, a proces dewastacji trwał także po wyzwoleniu. Przez działkę cmentarną przeprowadzono linię energetyczną, przynajmniej trzy słupy zostały wbite w grunt.
Po wojnie na cmentarz przeniesiono ekshumowane zwłoki Żydów pogrzebanych w różnych punktach na terenie miejscowości - między innymi siedemnaście osób rozstrzelanych i pogrzebanych na podwórku rodziny pp. Postków. Jak podaje Przemysław Burchard w książce "Pamiątki i zabytki kultury żydowskiej w Polsce", w 1946 r. pojawiła się tablica poświęcona 188 osobom zabitym podczas likwidacji getta.
Do połowy lat osiemdziesiątych cmentarz pozostawał opuszczony. W 1984 r. uporządkowano go, na części obszaru tworząc ogrodzone lapidarium. Jego centralną część stanowi pomnik na masowej mogile ofiar Zagłady. Umieszczono na nim napis w językach hebrajskim i polskim o treści: "Tu spoczywają zwłoki Żydów ze Stoczka, zamordowanych przez niemiecko-faszystowskich bandytów i ich pachołków. 1941-1944. Cześć ich pamięci!". Od bramy wejściowej do zbiorowej mogiły prowadzi alejka z ławkami. Po jej prawej stronie ustawiono ocalone nagrobki i ich fragmenty. Do dziś przetrwało około 50 macew w różnych stanie zachowania, w tym cztery obeliski i kilka fragmentów potłuczonych płyt z piaskowca. Przeważają nagrobki z polnych kamieni granitowych. Czytelne inskrypcje występują tylko na kilku nagrobkach.
O porządek i zieleń na terenie lapidarium - żywopłot i krzewy iglaste - dba gminne przedsiębiorstwo usług komunalnych, którego budynek znajduje po sąsiedzku.
W ciągu ostatnich kilku lat na cmentarzu przeprowadzono prace restauracyjne, w trakcie których wycięto krzewy oraz odnowiono pomnik ofiar Zagłady.
Po przeciwnej stronie rozpościera się pusty i nieogrodzony teren pozostałej części cmentarza, porośnięty przez kilkudziesięcioletnie sosny.
Cmentarz znajduje się przy ul. Węgrowskiej 22, obok przystanku autobusowego. Teren jest ogrodzony, furtka nie jest zamykana na klucz.
W 2012 r. autor niniejszego tekstu i Magdalena Wójcik z Muzeum Historii Żydów Polskich wykonali dokumentację macew. Ich spis jest dostępny na portalu "Wirtualny Sztetl".