Po raz pierwszy Żydzi w Pruchniku wzmiankowani są w 1563 roku, choć zapewne mieszkali tu już wcześniej. Początkowo niewielka społeczność pruchnickich Żydów podlegała gminie wyznaniowej w Przemyślu. W 1785 roku w miejscowości żyło dwustu wyznawców judaizmu, a ponad sto lat później ich liczba wzrosła do prawie sześciuset osób. Pewne rozbieżności dotyczą powstania samodzielnej gminy żydowskiej w Pruchniku. Andrzej Potocki w książce "Żydzi w Podkarpackiem" przypuszcza, że kahał został założony przed 1785 rokiem, z kolei "Encyclopedia of Jewish Life before and during the Holocaust" uniezależnienie się Żydów z Pruchnika od gminy w Przemyślu datuje na drugą połowę XIX wieku. W mieście działały liczne stowarzyszenia o charakterze społecznym i religijnym, takie jak: Towarzystwa Pielęgnowania Chorych "Bikur Cholim", Bractwo Pogrzebowe "Chewra Kadisza" czy Towarzystwo Czytania Psalmów "Chewra Thilim". Gmina żydowska posiadała synagogę, dom modlitwy, łaźnię rytualną. W synagodze znajdowały się drogocenne, osiemnastowieczne srebra, między innymi korony i tarcze zakładane na zwoje Tory.
Na początku XIX wieku w Pruchniku żyło około 800 Żydów. Trudna sytuacja gospodarczo-polityczna przełomu XIX i XX w. sprawiła, że wielu Żydów opuściło Pruchnik i wyemigrowało do Wiednia, Berlina oraz za ocean. W 1918 roku w miejscowości doszło do antysemickich zamieszek, podczas których chłopi zaczęli rabować żydowskie sklepy. Interweniowała policja, zabijając jednego z napastników. W spisie powszechnym z 1921 roku 877 pruchniczan zadeklarowało pochodzenie żydowskie. Żydzi stanowili wówczas 51,7% wszystkich mieszkańców.
Podczas II wojny światowej naziści utworzyli w Pruchniku getto, w którym zamknięto miejscowych Żydów oraz przesiedleńców z innych miast. Większość z nich wywieziono później do getta w Birczy, część zginęła w Wólce Pełkińskiej. Kilkadziesiąt osób rozstrzelano na polach w okolicach Pruchnika.
Cmentarz żydowski w Pruchniku znajduje się poza miejscowością, przy drodze do Hawłowic. Określenie jego dokładnej lokalizacji może sprawiać pewne problemy. Cmentarz zaznaczony jest na wydanej w 1937 roku wojskowej mapie okolic Przemyśla, natomiast niektórzy mieszkańcy Pruchnika utrzymują, że był położony bliżej drogi do Rozborza.
Jak pisze uprzednio wzmiankowany Andrzej Potocki, nekropolia powstała w XVII wieku. Ponieważ wiadomo, że jeszcze w 1638 roku pruchniccy Żydzi grzebani byli w Przemyślu, można zakładać, że cmentarz założono w drugiej połowie XVII wieku lub w następnym stuleciu, wraz z ukonstytuowaniem się samodzielnej gminy żydowskiej w Pruchniku. Opublikowany w 1939 roku "Almanach gmin żydowskich" podawał, że cmentarz był otoczony żywopłotem, na jego terenie zachowały się nagrobki z końca siedemnastego wieku, a w pobliskim lesie - gdzie podobno miała istnieć jeszcze starsza nekropolia żydowska - znaleziono macewę z XV wieku. Zweryfikowanie zwłaszcza tej ostatniej wiadomości jest już dziś niemożliwe. Jak twierdzą mieszkańcy, podczas II wojny naziści zniszczyli miejsce pochówku pruchnickich Żydów, a nagrobki wykorzystali do utwardzania dróg. Obecnie na cmentarzu nie ma żadnych płyt nagrobnych.