Początkowo wyznawcy judaizmu z Otwocka grzebali swych zmarłych na cmentarzu w Karczewie. W początkach XX wieku, wraz z rozwojem liczebnym społeczności żydowskiej Otwocka i ukonstytuowaniem się niezależnej gminy wyznaniowej, założono nowy cmentarz, zlokalizowany na południe od Otwocka, w obecnych granicach administracyjnych Karczewa, pomiędzy ul. Andriollego i ul. Czerwona Droga. Jest to miejsce pochówku nie tylko stałych żydowskich mieszkańców Otwocka, ale też tych kuracjuszy, którzy daremnie szukali pomocy w miejscowych szpitalach i sanatoriach.
Okres Zagłady cmentarz przetrwał w relatywnie dobrym stanie. Po wyzwoleniu opuszczona nekropolii powoli popadała w zapomnienie i niszczała. Rozwijająca się roślinność pochłaniała kolejne partie cmentarza, znikały też nagrobki, wykorzystywane jako materiał budowlany czy tarcze ścierne w szlifierkach. Niektórzy mieszkańcy twierdzą, że część macew skradziono i po zeszlifowaniu wykorzystano jako płyty nagrobne na miejscowym cmentarzu katolickim. Wiele grobów zostało rozkopanych w poszukiwaniu kości, odsprzedawanych później studentom medycyny, praktykującym w otwockich szpitalach.
Kres dewastacji położyli lokalni społecznicy - między innymi nauczycielki z miejscowego liceum: Katarzyna Kałuszko, Maria Bołtryk, proboszcz ks. Wojciech Lemański oraz Zbigniew Nosowski, redaktor naczelny pisma "Więź" - którzy w 2002 roku powołali do życia
Komitet Pamięci Żydów Otwockich i Karczewskich. Z inicjatywy Komitetu podjęto prace porządkowe na cmentarzach żydowskich w Otwocku oraz pobliskim Karczewie. W pierwszym etapie prac oczyszczono teren nekropolii, jednocześnie karczując krzewy i drzewa zarastające cmentarz.
Dzięki wysiłkom mieszkańców Ośrodka Readaptacyjnego Ministerstwa Zdrowia w Anielinie i grupy baptystów z USA granice nekropolii zaznaczono układając granitowe głazy. Więcej informacji o restauracji cmentarza można znaleźć na stronie internetowej "Linia Otwocka".
W 2007 roku zespół młodych ludzi związanych z warszawską Gminą Wyznaniową Żydowską wykonał spis nagrobków. Wyniki inwentaryzacji - dane personalne zmarłych, zdjęcia i opis lokalizacji grobów - zamieszczono na stronie internetowej http://cemetery.jewish.org.pl/otwock/
Mimo zniszczeń, jest to jeden z najlepiej zachowanych cmentarzy wyznania mojżeszowego w województwie mazowieckim. Do dziś w sosnowym lesie zachowało się około tysiąca dwustu nagrobków. Wyraźny jest rzędowy układ grobów, a na części macew widoczne są ślady oryginalnych polichromii. Nagrobki z Otwocka są świadectwem zróżnicowania społeczności polskich Żydów z okresu pierwszych czterech dekad XX wieku pod względem statusu majątkowego oraz obyczajowości. Dominują oczywiście tradycyjne, proste macewy, jednak tuż obok nich stoją pomniki nagrobne łudząco podobne do tych, jakie można spotkać na cmentarzach innych wyznań, na przykład w formie grobowców, zwieńczonych frontonami, stel czy obelisków. Większość otwockich macew nie przedstawia sobą wybitnych walorów artystycznych. Można zakładać, że duża liczba umierających kuracjuszy sprawiała, że miejscowe zakłady kamieniarskie pracowały pełną parą, a ilość produkowanych nagrobków w konsekwencji nie przechodziła w jakość. Uważny obserwator zauważy z pewnością, że wiele macew jest do siebie łudząco podobnych - były bowiem wytwarzane seryjnie, a inskrypcje wykuwano stosownie do bieżących potrzeb. Mimo to można odnaleźć pomniki o ciekawej formie i interesujących zdobieniach, jak na przykład macewę Fejgi Kozłowskiej z Suwałk, gdzie w płytę nagrobną wkomponowano płaskorzeźbione drzewo. Motyw złamanego drzewa - typowy dla żydowskiej sztuki sepulkralnej sposób upamiętnienia osób zmarłych w młodym wieku - na cmentarzu żydowskim w Otwocku występuje wyjątkowo często. Takie pomniki ustawiono między innymi na grobach studentki Fejgi Lichtenstein, zmarłej w wieku 22 lat czy dwudziestojednoletniej Poli Buchwald. O procesach asymilacyjnych i przenikaniu kultur świadczą też inskrypcje, wykuwane nie tylko w języku hebrajskim, ale także po polsku, niemiecku i rosyjsku. W wielu z nich daje się zauważyć odejście od tradycyjnej struktury żydowskiego epitafium, opartej na schemacie:" Tu pochowany _____, syn/córka _____ zmarł/a w dniu_____. Niech dusza jego związana będzie w węźle życia wiecznego" i zapisanej wyłącznie w języku hebrajskim. Takiej reguły nie zastosowano na przykład na nagrobku wzmiankowanej uprzednio Poli Buchwald, na którym polskojęzyczna inskrypcja głosi: "Błogosławionej pamięci Pola Buchwald z Warszawy. Zmarła po krótkich cierpieniach dnia 30 maja 1927 roku w kwiecie wieku, przeżywszy lat 21. Ukochanej Poli rodzice, siostry i bracia. Pusto w domu naszym, smutno bez Ciebie. Odeszłaś w rozkwicie życia, pozostawiając sierocy żal po sobie".
Dość szczególną cechą epitafiów na otwockich macewach są pojawiające się często informacje o miejscowości pochodzenia nieboszczyka. Te dane występują przede wszystkim na grobach osób, które nie mieszkały w Otwocku na stałe, a jedynie przyjechały na kurację i tu zmarły. Dzięki temu wiemy, że do sanatoriów i szpitali w Otwocku przyjeżdżali Żydzi między innymi z Warszawy, Łodzi, Płocka, miast Śląska i Zagłębia, a także z Pińska, Kowla, Odessy, Słonimia, Horodyszcza, Wilna, Miru, Moskwy czy Nowego Jorku.
Na cmentarzu znajdziemy też mogiły - czasem symboliczne - ofiar Holocaustu. Do takich należy chociażby grób Ernestyny Koprowskiej, stanowiący jednocześnie symboliczne miejsce pochówku Bronisławy Koprowskiej i Joli Skoreckiej, zabitych w Częstochowie.