Żydzi w Malborku pojawili się w XIV i XV w., jednak ze względu na obowiązujący tu przywilej "de non tolerandis ludaeis" nie było to stałe osadnictwo. Po raz pierwszy Żydzi osiedlili się w Malborku w 1813 roku. Wiemy, że w mieście żyło wtedy sześć żydowskich rodzin.
W 1814 roku ukonstytuowała się gmina wyznaniowa, a w 1826 roku przy ulicy Szkolnej powstała pierwsza synagoga, adaptowana ze starego spichlerza. Do odprawiania rytualnych kąpieli malborscy Żydzi posiadali nad Młynówką specjalną łaźnię rytualną (mykwę). W 1898 roku kosztem 40 tys. marek otworzono w Malborku kolejną synagogę, która jako jedyna na Pomorzu przetrwała Reichskristallnacht, jednak po ujawnieniu tego faktu następnej nocy została spalona.
W 1880 roku, w szczytowym okresie swego istnienia, gmina żydowska liczyła 306 członków, co stanowiło około 4% populacji miasta. Później liczebność społeczności żydowskiej zmniejszała się - do 170 osób w 1932 roku. Po objęciu władzy przez Hitlera w 1933 roku w mieście pozostało już tylko 33 Żydów.
W 1819 r. malborski kahał otrzymał od miasta grunt w celu założenia cmentarza. Był to plac znajdujący się na terenie zwanym Hoppenbruch w pobliżu osady Wielbark, stanowiącej obecnie dzielnicę Malborka. Obszar cmentarza był w latach 1871, 1883, 1893 i 1927 sukcesywnie powiększany. Na cmentarzu znajdowały się zarówno kamienne, jak i drewniane macewy, w zależności od statusu społecznego zmarłego. Bractwo pogrzebowe "Chewra Kadisza" w Malborku powstało w 1852 r.
Do dziś w Malborku nie zachowały się żadne ślady po lokalnej społeczności żydowskiej. Nie istnieją synagogi - na miejscu nowej jest obecnie Aleja Rodła, a dokładna lokalizacja drugiej synagogi nie jest znana, stała ona na terenie obecnego osiedla mieszkaniowego na Starym Mieście. Nie przetrwała także mykwa. Budynki na Starówce, w których Żydzi malborscy prowadzili sklepy, zostały podczas oblężenia miasta w 1945 roku zrównane z ziemią przez Rosjan.