Luba Lipko przy grobie matki Rachel córki Mosze, żony Awrahama Hersza Lipko. Fotografia z kolekcji Mayera Foxa.

Podczas II wojny ¶wiatowej cmentarz był ¶wiadkiem antysemickich zaj¶ć, do jakich doszło w Kolnie po agresji Niemiec na Zwi±zek Radziecki. Szymon Datner w opracowaniu zatytułowanym Zagłada Żydów w Kolnie (Archiwum Żydowskiego Instytutu Historycznego im. E. Ringelbluma, relacja nr 301/1996) tak opisał te wydarzenia: "5 lipca 1941 roku Niemcy i ich polscy pomocnicy wygnali cał± żydowsk± ludno¶ć i zebrali j± wokół pomnika Lenina. Przy akompaniamencie okrutnego bicia i wrzasków statua zostaje rozbita. Gruzy zostaj± załadowane na wozy, do których wprzęgnięto Żydów w tałesach. (.....) Odprowadzana żartami i ¶miechem mieszkańców rusza kolumna Żydów ze ¶piewem "Hatikwa" na żydowski cmentarz. (....) Na cmentarzu Żydzi wykopali grób, kazano im modlić się, ¶piewać i przy wielkiej rado¶ci znęcaj±cych się, gruz po statui Lenina zostaje zakopany. Przy wyj¶ciu z cmentarza i zakończeniu "uroczysto¶ci", polscy chuligani tworz± szpaler i pałkami bij± głowy żydowskie".

Zapewne wkrótce po tych wydarzeniach rozpocz±ł się proces dewastacji cmentarza, kontynuowany także po odzyskaniu niepodległo¶ci. Przytoczmy tu fragment opublikowanych w Księdze Pamięci Kolna wspomnień Racheli Alter-Borkowskiej, spisanych po wizycie na cmentarzu w 1961 roku: "Ogrodzenie jest zrujnowane, groby - bez pomników, tu i tam leż± ich fragmenty. (.....) Szukałam grobu mojej matki w miejscu, w którym - jak pamiętałam - została pochowana. (....) "Patrz - pewien Polak powiedział do mnie - tu, w otwartym grobie Niemcy zabili Szepsela Melcherskiego, grabarza. Zmusili go do wykopania grobu i położenia się w nim. Wtedy go zastrzelili, grób pozostał półotwarty". Nie ma już grabarza Szepsela, razem z nim przepadła ksi±żka ze spisem zmarłych". W latach osiemdziesi±tych 80-tych jeden z mieszkańców Kolna w li¶cie przesłanym do Żydowskiego Instytutu Historycznego alarmował: "Cmentarz w Kolnie jest wprawdzie ogrodzony, ale całe lato pas± się na nim krowy. Tylko gdzieniegdzie znajduj± się jeszcze widoczne ¶lady po grobach".

Od zakończenia wojny przez 60 lat nekropolia czekała na ratunek. Dopiero w 2005 r. cmentarz został uporz±dkowany. Naprawiono też ogrodzenie, ustawiono bramę, na której zamocowano tablice z napisami w językach polskim, hebrajskim i angielskim. Prace zostały wykonane dzięki zaangażowaniu między innymi nowojorskiego rabina Szlomo Bessera, rodziny wywodz±cego się z Kolna Emanuela Toporowitza i Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.