Cmentarz żydowski w Józefowie powstał w pierwszej połowie XVIII w., zapewne wkrótce po założeniu miasta w 1725 r.
Cmentarz zajmuje działkę położoną na zboczu wzniesienia, oddaloną o około 400 m od ul. Kamiennej, na skraju kamieniołomu. Teren był stopniowo powiększany. Zakupy gruntu nastąpiły m. in. około 1848 r.
Przed wojną cmentarz otaczał kamienny mur, przy bramie znajdował się dom przedpogrzebowy. Cmentarz służył jako miejsce pochówku także dla Żydów z Suśca, Majdanu Sopockiego, Aleksandrowa i Ciotuszy.
Obiekt uległ częściowej dewastacji w okresie II wojny światowej, jednak znacznie większych zniszczeń dokonano w latach późniejszych. Niektórzy mieszkańcy Józefowa i okolic wykorzystywali nagrobki do celów budowlanych. W ciągu kilku powojennych dekad z cmentarza wywieziono dużą ilość macew. Skalę dewastacji i kradzieży nagrobków uzmysławiają fotografie cmentarza z 1961 r., znajdujące się w zbiorach Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków w Lublinie.
Na początku lat 80-tych badania nad cmentarzem rozpoczął Andrzej Trzciński z Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Wynikiem jego zainteresowania była obroniona w 1982 r. praca magisterska Kompozycje i ornamentyka kamieni nagrobnych na cmentarzu żydowskim w Józefowie Biłgorajskim na tle nagrobnej symboliki hebrajskiej oraz kilku artykułów, m. in. Gmina żydowska i kirkut w Józefowie w "Fołks Sztyme".
W ciągu ostatnich kilkunastu lat wykonywano prace na rzecz uporządkowania, zabezpieczenia i oznakowania cmentarza. Wykarczowano część zarośli. Wschodnią, północną i zachodnią granicę cmentarza oznaczono sadząc żywopłot. Drogę do cmentarza od strony miasta oznakowano, przy wejściu ustawiono tablicę informacyjną.
W 2003 r. z inicjatywy nauczyciela Pawła Nawrockiego cmentarz porządkowali uczniowie warszawskich szkół średnich. W latach 2006-2008 w ramach projektu Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego "Przywróćmy Pamięć", cmentarzem zajęli się uczniowie Liceum Ogólnokształcącego w Józefowie. Obecnie działka cmentarna jest własnością Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego, opiekę nad obiektem sprawuje Urząd Miejski w Józefowie.
Do dziś przetrwało kilkaset nagrobków w różnym stanie zachowania. Najstarszy z nich, znajdujący się w zachodnim sektorze cmentarza, pochodzi z 1737 r. Najmłodszy nagrobek upamiętnia osobę pochowaną w 1940 r. Stosunkowo dobrze zachowały się trzy rzędy macew w części wschodniej, wykorzystywanej do celów grzebalnych w latach 30-tych XX w. Na jej skraju znajduje się niewielka kwatera dziecięca. W trakcie prac badawczych dr hab. Andrzej Trzciński odnalazł nagrobek Tory, pochowanej w 1863/1864 r. ( 5624 r. według kalendarza hebrajskiego).
W 2006 r. młodzież ze szkoły Re'ut w Jerozolimie w ramach projektu Gidonim wykonała spis 700 nagrobków. Dane osobowe odczytane z macew można znaleźć na stronie www.gidonim.com.