Udokumentowane początki osadnictwa żydowskiego w Bieżuniu datuje się na początek osiemnastego wieku. Wiadomo, że w 1733 roku w miejscowości mieszkał Żyd o imieniu Berek, cyrulik Michała Zamoyskiego. Trzydzieści jeden lat później w Bieżuniu żyło 172 wyznawców judaizmu, a ich liczba w ciągu kolejnych dekad wzrastała. Na przestrzeni dziejów Żydzi stanowili średnio trzydzieści procent całej populacji miasteczka. W 1776 roku w dokumentach diecezji płockiej wzmiankowana jest miejscowa synagoga, opisana jako "szkoła z kominem, tam gdzie niegdyś były koszary dla wojska saskiego wystawione". W 1808 roku w Bieżuniu mieszkało 389 Żydów, w 1827 - 725, a w 1857 r. - 697. Tak duży przyrost był spowodowany między innymi migracją Żydów wypędzonych z Mławy jak również akcją rugowania ludności żydowskiej ze wsi. W 1822 roku Komisja Województwa Płockiego zezwoliła na utworzenie w Bieżuniu żydowskiej gminy wyznaniowej.
W 1835 roku miejscowy dozór bóżniczy rozpoczął starania na rzecz budowy nowej synagogi. Jej projekt powstał jednak dopiero w 1873 roku, a budowa trwała bardzo długo, bo od 1883 roku do 1902 r. Obok synagogi funkcjonował dom studiów religijnych, z języka hebrajskiego zwany bejt ha-midrasz. Oba te budynki zachowały się do dziś. Wiadomo też, że przynajmniej jeden dom modlitwy mieli miejscowi chasydzi, pozostający pod wpływem cadyków z Góry Kalwarii.
W Bieżuniu w 1841 r. przyszedł na świat Izaak Cylkow, syn talmudysty Mojżesza Arona Cylkowa, późniejszego nauczyciela w warszawskiej Szkole Rabinów. Izaak Cylkow po ukończeniu tej uczelni wyjechał na stypendium naukowe do Berlina, gdzie studiował filozofię, a po kilku latach na uniwersytecie w Halle obronił doktorat z filozofii i języków semickich. Cylkow był związany z ruchem asymilatorskim polskich Żydów. Po powrocie do kraju został kaznodzieją w synagodze postępowej w Warszawie przy ul. Daniłowiczowskiej. Podczas otwarcia Wielkiej Synagogi w Warszawie przy ul. Tłomackie Izaak Cylkow wygłosił mowę w języku polskim. Było to wyzwanie, rzucone zarówno kręgom zachowawczego środowiska żydowskiego, od setek lat używającego w liturgii języka hebrajskiego, jak i zaborcy rosyjskiemu, zabraniającemu kazań po polsku. Cylkow przeszedł do historii także jako wybitny tłumacz, który przełożył na język polski Biblię hebrajską.